文波研究员

 

    文波,研究员,博士生导师,国家重大科学研究计划首席科学家。2004年获复旦大学遗传所博士学位。2005年起在约翰.霍普金斯大学医学系及表观遗传学中心从事博士后研究,并于2009年晋升为讲师(Instructor)。2010年被聘为复旦大学生物医学研究院研究员。获得全国百篇优秀博士论文(2006年)、云南省自然科学一等奖(2005年)等奖项。在Nature、Nature Genetics、American Journal of Human Genetics、Genome Research 等国际学术期刊上发表论文20余篇,被引2800多次。获上海市曙光学者、上海市浦江人才计划、上海市卫生系统优秀青年培养计划等人才计划资助。

 

主要研究方向
1.以多能干细胞定向分化、精子发生为模型研究细胞身份转换的表观遗传机制;
2.长非编码RNA(LncRNA)与染色质相互作用机制。

 

代表性论文
1.Wen B, Wu H, Loh YH, Briem E, Daley GQ, Feinberg AP*. Euchromatin islands in large heterochromatin domains are enriched for CTCF binding and differentially DNA-methylated regions. BMC Genomics. 2012; 13:566.
2.Kim K, Doi A, Wen B, Ng K, Zhao R, Cahan P, Kim J, Aryee MJ, Ji H, Ehrlich LI, Yabuuchi A, Takeuchi A, Cunniff KC, Hongguang H, McKinney-Freeman S, Naveiras O, Yoon TJ, Irizarry RA, Jung N, Seita J, Hanna J, Murakami P, Jaenisch R, Weissleder R, Orkin SH, Weissman IL, Feinberg AP, Daley GQ*. Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells.  Nature 2010 ;16 (7313):285-90.
3.Wen B, Wu H, Shinkai Y, Irizarry R and Feinberg AP*.  Large histone H3 lysine-9 dimethylated chromatin blocks distinguish differentiated from embryonic stem cells. Nature Genetics  2009;41: 246-50.
4.Doi A, Park IH, Wen B, Murakami P, Aryee M, Irizarry R, Herb B, Ladd-Acosta C, Rho J, Loewer S, Miller J, Schlaeger T, Daley GQ and Feinberg AP*.  Differential methylation of tissue- and cancer specific CpG island shores distinguishes human induced pluripotent stem cells, embryonic stem cells and fibroblasts. Nature Genetics 2009; 41(12):1350-3.
5.Irizarry RA, Ladd-Acosta C, Wen B, Wu Z, Montano C, Onyango P, Cui H, Gabo K, Rongione M, Webster M, Ji H, Potash JB, Sabunciyan S, Feinberg AP*.  The human colon cancer methylome shows similar hypo- and hypermethylation at conserved tissue-specific CpG island shores. Nature Genetics  2009; 41:178-186.
6.Wen B, Wu H, Bjornsson H, Green RD, Irizarry R, Feinberg AP.  Overlapping euchromatin/heterochromatin- associated marks are enriched in imprinted gene regions and predict allele-specific modification. Genome Research  2008; 18:1806-13.

 

主要承担课题
课题负责人在研的科研项目
课题来源            课题编号               
国家科技部          2015CB943000  (重大科学研究计划)
国家科技部          2011CBA0110   (重大科学问题导向项目)
国家自然科学基金    31371296      (面上项目)

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