复旦大学分子医学教育部重点实验室（简称分子医学），在原复旦大学上海医学院分子遗传学教研室的基础上组建。分子遗传学教研室成立于1988年，1990年开设研究生课程《医用分子遗传学》理论课和实验课。2001年分子医学教育部重点实验室立项，2002年经教育部评估后正式成立。2004年建立分子医学博士点。2005年起为研究生和八年制医科生开设“分子医学导论”新课程，并出版教材“分子医学导论”。
    分子医学教育部重点实验室依托复旦大学，PI来自国家重点学科生物化学－分子生物学，生理学和免疫学教研室。迄今国家和学校的总投入约3000万元，设备总值1500多万元。

    研究方向：（1）基于蛋白质构效关系设计研制生物技术药物；（2）发育遗传学和疾病功能基因组研究。（3）脂肪细胞发育分化机理和肥胖成因研究。（4）肿瘤细胞信号传导的变化与恶性行为的关系；（5）新型疫苗的分子设计和研制，免疫病发病机制及防治对策。（6）代谢病发病机制和防治。